既然上帝的启示包括自然启示和特殊启示，那么就不可能存在冲突，因为上帝本身是自洽的，那么祂的启示也应该是自洽的。不仅如此，祂的启示是我们知识的来源，也是我们认知能力的来源，否则我们就无从谈论真理，因为我们认知的能力（或者意思）可能只是物质世界随机进化并涌现出来的一种现象。那么为什么历史中会有科学与信仰冲突的例子呢？原因很可能是人对上述两种启示的解释错误所导致，而人的理性（作为上帝的自然启示之一）又怎么会犯错呢？因为人的理性也因着人类始祖的堕落而堕落了。那么这理性的堕落是否包括人的认知能力呢？不是。显而易见，人可以认识真理的片段或者影子，否则就不会在人类中间产生出一些普遍的共识，比如普世道德与科学。也许这种认知能力在人类堕落之后有所受损，但绝对不是完全无用。而且，这种认知能力作为一种手段是被意志所支配的，而意志是堕落的且可以被圣灵更新的，这也就是为什么人们可以用他们的知识来反对上帝也可以用来认识上帝。这样看来，不信上帝的科学家所得到的知识同样值得我们学习和尊重，因为他们得到的知识可以透过我们认知的自然现象来检验，哪怕他们的意志已经堕落。
这样，我们要正确处理信仰与科学的关系，就必须严肃对待神学和科学对这两种启示的解释。我们的问题是如何正确阐释自然和圣经，在这里，我主要总结一下前人对圣经阐释的看法。
一些基本原则：
- “记载于旧新约圣经中的上帝的话语，是指导我们荣耀他，并以他为乐的惟一准则”（威斯敏斯特小要理问答第2问）。
- “因此那藉先知说话的同一圣灵，务须进到我们心里，叫我们深信他们所说的是神付托他们的。”(《基督教要义》，约翰·加尔文， 徐庆誉译)
- 以经解经。“解释圣经的无谬规则就是圣经本身（以经解经）。所以对圣经哪一部份的真正和圆满意义发生疑问时（该意义不能有多种，只有一个），就当用他处较为更明了的经文，借以查究和明了其真义。”（威斯敏斯特信条1章9节）
一些应用的原则和规范：
- 文法-文学因素，比如诗篇的解释必须考虑文学因素。
- 渐进启示和救赎历史， 圣经的启示是渐进的，救赎历史在新旧约中慢慢展开，这也是圣经神学的释经原则。
- 圣经中的社会-文化处境，比如圣经中妇女蒙头是有其历史文化处境的，圣经中这些文化往往在特定的时代是中性的。而另外一些文化比如一夫多妻是圣经所容忍但不赞同的，随着救赎历史的完成将被废弃。
- 信心的程度（analogy），是指对信仰的总体考量（according to the measure of your subjective faith）。伯克富在他的“Principles of Biblical Interpretation”一书中总结出一下几个子原则：
- 信仰总原则清楚支持的教义不能被看似相反的模糊经文推翻。
- 如果一个既不违背总原则也不被总原则支持的段落经由合适清楚的教导可以用来支持某一教义。但如此建立的教义不能与由总原则建立的教义等量齐观。
- 如果一个教义只由模糊经文支持，我们当非常保留地接受此教义。
- 如果信仰总原则导致了看似彼此相悖的教义，那么两种教义都应该被接受为圣经所教导的并在更高的层次合一。比如上帝的预定和人的自由意志。
以上这些原则可以运用到诗篇以及创世纪，约伯记等书卷中对自然界描述的解释，一方面是考虑到这些书卷的文体，另一方面是考虑到这些经文中的希伯来文法。在如今教会中的很多对地球年龄和进化论的争论导致了不必要的论断，我们可以运用第四个原则来彼此劝勉。
在论到圣经对自然界的描述时，1977年由300多位牧师签署的《芝加哥圣经无误宣言》如此说，“圣经……论到神在创造与世界历史中的作为时，也都是完全没有错误的。” 那么，既然如此，正确的科学和正确的释经必然导致同样的对自然界的洞见。但圣经往往并没有清楚的经文对自然定律本身进行描述，于是我们既可以在圣经中找到地心说的“证据”（诗75：3），也可以找到地动说的“证据”（路17:30-36）。那么如果我们专找圣经中支持严谨科学结论的经文，我们当然可以找到很多；但如果一个不信的人来找反对科学“事实”的经文，也可以找到许多。所以，这也是科学与信仰之争的关键，那就是圣经本身并不是以精确描述自然现象为目的的书，但它对自然现象的描述又是绝对无误的。我们当然可以找到很多经文来支持已成定论的科学结论，比如以赛亚书40:22描述地球是圆形的，伯26:7-8描述地球是悬在虚空中的，传道书1:6描述地球的风向系统，传1:7对水循环的描述，伯28:23-25对空气的描述，诗篇8：8对洋流的描述， 伯38:35对电磁波的隐喻以及圣经中的割礼对人体的益处等等。如果时间允许，我可以搜索到更多的相关经文。
我相信圣经作者上帝知道如何描述受造物，所以祂所描述的“造化”既是符合事实的又是为圣经主题服务的。所以在解释创世纪中地球年龄和物种起源的时候，我们应该尊重圣经的时间次序和字面意思，虽然这并不一定是作者的本意。只有当我们发现相关经文的上下文和信仰的总原则都不允许或者不支持的情况下才能抛弃字面意思的解释。在这种谨慎的解经原则下，我们才能避免过度解释和妥协圣经的危险。
两本书 