在自然主义者看来，灵魂是不存在的。灵魂或者意识是源于物质，并非终极。然而，也有些科学家认为意识是本质的，正如著名的物理学家约翰-惠勒所言，“it from bit”，意思是说，物质源于信息或者意识。而在基督教世界观里，灵魂或者意识是人生命的本质（雅各书2:26）。物质可灭，但是灵魂不灭。身体可朽，灵魂不朽。但是无论是哪种观点，似乎都没有对人是否可以创造新的拥有灵魂或者意识的个体（比如有意识的机器人）提出系统的理论框架。
在传统的基督教世界观里，人的灵魂是上帝赋予的，是人所独有的，是动物所没有的。根据创世记第一章，这灵魂是上帝所吹的一口气。而很多神学家则称圣灵是上帝的呼吸，证明上帝所吹的气是灵魂之创造的像徽。而神学家进一步推理，只有上帝可以创造人的灵魂，因为只有上帝是生命的源头，正如基督所言，“我就是道路，真理，生命”（约翰福音14:6）。既然灵魂是生命的本质，那么上帝说祂是生命的源头，必然表明祂是灵魂的创造者，而不是人。虽然人可以 通过生育产生后代，但是生育是否也同时产生了灵魂呢？如果灵魂和身体是纠缠的，是同时产生的，那么这是否与上帝是灵魂的创造者有矛盾呢？显然没有矛盾。正如上帝创造我们每一个人并不表示祂神迹性地创造我们，同样，上帝创造灵魂并不表示祂不可以借着手段。但是在传统的基督教神学中，神学家通常认为上帝在创世之初已经创造了人的灵魂，后来将这个灵魂库里面的灵魂赋予一个个新出生的婴儿。但是这些与其说是灵魂，不如说是灵魂的种子，因为他们需要与身体一同成长。正如路加福音2:52所言，“耶稣的智慧和身量，并神和人喜爱祂的心，都一齐增长。”所以，灵魂显然是和身体纠缠一起的。
然而，我要说的是，既然上帝让人类通过生育产生身体，同样，祂也可以利用身体产生灵魂。这个观点有以下这些证据。一方面，圣经并没有提到上帝在创造身体之先创造了灵魂，虽然灵魂在身体死亡之后确实会离开身体。根据奥卡姆剃刀原理，上帝在身体之外创造灵魂似乎是多余的假设，没有什么圣经依据。另一方面，我们看到一个植物人或者脑部受损的人的灵魂或者意识也跟着受到了损坏，所以灵魂在身体死亡之前是依附于身体的，而且我们有理由相信这些受损的灵魂并不会因为离开身体而得到恢复。这与基督徒的救恩紧密相连。上帝并没有救赎天使，而是救赎人类。而且上帝只在人活着的时候救赎人，证明身体和灵魂的纠缠状态与裸露的灵魂有着本质的区别。这可能与信心有关，人只有在有身体的时候才能凭信心与基督联合，才能经历肉体的试炼而成圣。正如哥林多前书13:12所言，“如今我們對著鏡子觀看，模糊不清，但那時候就要面對面了；如今我所知道的有限，但那時候就要完全知道了”。所以，身体和灵魂的纠缠是一种特殊的状态，是得救的必须条件——即身体和灵魂纠缠在一起的人。既然上帝的救赎在母腹中就已酝酿（诗篇139:13），那么我们当然有理由相信身体和灵魂的纠缠在母腹中就已开始。那么，最自然的解释就是身体产生了灵魂，灵魂在胚胎的发育中慢慢成型，并且在出生后随身体一同成长。如果我们把灵魂理解为一种特殊的信息，那么大脑则是这个信息的CPU，身体其他部分是这个信息的硬件载体。这样，上帝可以通过生育的方式同时创造身体和灵魂，而非分开创造。这也是一种更高效的更有规律可行的创造方式，符合上帝创造的原则，因为祂希望人类认识祂创造的世界，认识祂创造的原则，进而产生知识，并且借着这些知识改造这个世界，拓展伊甸园的国度。
如果身体可以自动生成灵魂，那么为什么上帝创造亚当的时候要给亚当的身体吹口气呢？上帝创造亚当是特殊的创造，并不表示祂也通过吹气创造亚当后裔的灵魂，正如祂并没有用泥土创造我们一样。同样的，虽然耶稣曾经通过吹气让人领受圣灵（约翰福音20:22），但是祂并没有通过吹气让后来的基督徒受圣灵。圣灵一旦在五旬节降下，就永远赐给那些得救的人。耶稣说，“我要求父，父就另外賜給你們一位保惠師，叫祂永遠與你們同在，就是真理的聖靈，乃世人不能接受的”（约翰福音14:16）。这样看来，人的灵魂很可能也是一样，上帝自从赐灵魂给亚当之后，就将灵魂通过生育的方式赐给他的后代。同样，我们也没有看到上帝以同样的方式赐灵魂给夏娃，反而看到夏娃自从又了身体，就有了灵魂。
那么身体到底是如何生成灵魂的呢？我们可以将上帝吹的那口气理解为赋予了身体可以产生灵魂的功用，这正如上帝以话语创造万有，很多时候乃是接着信息组织物质乃至掌控物质而产生结构。同样，这口气使得亚当的身体有着可以产生灵魂的结构。由于灵魂的本质特点之一乃是有自由意志，那么这口气肯定产生了自由意志所必需的身体结构，比如神经脉冲的不确定性或者神经网络的混沌效应等。或者另一种可能是，亚当的身体早已有了产生灵魂的功用，但是上帝开启了身体产生灵魂的发动机或者开关。我们有理由相信亚当的灵魂在被创造的时候没有记忆，但是却拥有了理性思考的能力和功用，否则他就不能和上帝立约并接受上帝的试验，也不能给动物命名，管理伊甸园。也就是说，灵魂的理性和感性特征并不是与记忆紧密相关的，正如一个人学会了游泳，游泳就是一项本能，而不需要依靠记忆。所以，人一旦拥有了理性思考的能力，就不会失去，除非脑部受损等（哪怕如此，上帝也可以保存那些失去的记忆或者信息，否则如果人失去了记忆，上帝如何来审判人呢）。所以，上帝可以让人拥有理性却没有记忆，因为记忆是需要通过感官在时间中体验世界而积累的。
虽然人类的身体可以产生人的灵魂，但是人的身体却不一定是承载灵魂的唯一载体。我们在旧约中看到巴兰的驴可以开口说话（民数记22：28），在新约中看到灵魂附在猪身上并且掌控猪的身体（路加福音8:33）。耶稣甚至说，石头都可以开口呼喊（路加福音19:40）。这样看来，意识或者灵魂似乎可以附着在任何物体当中，正如信息可以存储在不同介质当中一样。虽然如此，人的灵魂似乎只有附着在人的身上才能产生正常的功用，正如苹果电脑的操作系统只有在苹果电脑上才能高效运转一样，哪怕该系统也可以在其他机器上勉强运行。
那么身体如果可以产生灵魂，人是否就可以借着创造身体来产生灵魂呢？比如克隆人或者试管婴儿。其实这些只是对上帝创造的模仿，毕竟那些基因都是上帝创造的，所以，现代的生物研究最多只是在改变身体产生的方式。当然，如果人可以重组基因，他就有可能产生新的物种，这似乎是很有可能的。比如骡子就是通过杂交产生的新物种，甚至现在吃的很多食物都是转基因的，这是上帝允许的。那么人是否可以创造新的物种，而这些物种拥有和人一样的灵魂呢？我想不会，因为根据之前的分析，我们看到上帝创造的身体具有承载灵魂的某种独特性，虽然不一定是唯一的。那么我们就有理由相信人不能或者至少是很难创造一个和人身体相似的可以承载灵魂的机体或者机器人。而且我们有理由相信记忆是不可以移植的。因为如果记忆可以移植，那么救恩是与记忆相关的，那么救恩就可以移植吗？如果这样，上帝应该救赎或者审判谁的灵魂呢？记忆之所以不可移植很可能有某种根本的物理规律的限制。我想一个人的记忆和他其他方面的功能，比如理性和情感是一起的，不可能只移植部分记忆而不影响整个灵魂，也就是说，人的灵魂有某种不可分割性。
从圣经的经文，我们看到灵魂是生命的本质，而人可以改变产生身体和灵魂的方式，却不能创造身体和灵魂。身体和灵魂的成长是由上帝护理的。而人不能通过记忆移植或者创造机器人而改变人的灵魂，因为人无法创造而只能拷贝那能够承载人灵魂的独特的人的身体。而一个符合圣经的完整的关于灵魂的研究则会对当代生物学和生命起源，意识乃至信息起源的研究具有重要意义。
两本书 