如今在物理学乃至整个自然科学中间一个很流行的词汇是“涌现”，什么是涌现呢？简而言之，就是很多个体所呈现出来的整体行为。也就是说整体不能解构为个体，或者说还原论（“reductionism”）是不对的。比如一个人的行为和一个社会的行为虽然是相关的，但是你绝对不可能通过将社会完全解构为一个个个体。同样，你不可能通过研究地球的每一个板块和海洋的构造进而得到地球的气候和地质演化。你也不能把化学还原为量子物理，把生物学完全还原为化学。正因为涌现，我们才需要在每个现实层面建立科学来了解每个层面的真理。这有点像量子物理中的托马斯-杨干涉实验，粒子穿过两个狭缝的干涉行为不能还原为粒子分别穿过每个狭缝的行为的叠加。也就是整体不能还原为部分。同样，两个粒子的量子纠缠使得当它们分隔很远的时候仍然保持了一种相关性，虽然一个粒子被探测到的量子态是随机的，但是一旦我们观测到一个粒子的量子态，那么与它纠缠的另外一个粒子的量子态也随之被决定。这样，我们要么牺牲光速不变，认为两者可以超光速传输信号；要么牺牲客观现实的局域性（locality）。显然前者得到了很多的验证难以颠覆，那么后者是比较可能的，也就证明了整体不能分解为部分的假设，从量子层面支持了涌现的理论。
虽然以上的量子和涌现有诸多相似，但是话说回来，涌现和量子有什么本质关系呢？涌现出现在物理世界的各个层面，但是量子纠缠等现象只出现在量子微观世界。我要说，这两者都体现了客观现实的本质。客观现实不能被解构成局域或者基本粒子，而是应该在不同层面上来理解。原因在于客观现实不是封闭系统，因果链不是封闭链条，这不仅适用于宏观世界的涌现，也适用于微观世界的量子。比如，我们可以理解一篇文章的每一个字，但是对这篇文章却一无所知；我们可以理解一个笑话的每个词，但是却找不到为什么这个笑话好笑；哪怕你用放大镜仔细观摩梵高画作的每一个部分，但是却对正副画茫然无知。所以，由部分涌现出来的意义往往不是部分所完全决定的，而是由整体以及整体所处的文化和物理环境所决定的。我们可以理解一个人的个体行为，但是要理解整个社会的经济，政治和文化的发展必须从宏观的角度来研究。同样，在量子世界里，因果链条是开放的，因为我们只能概率性地知道粒子的量子态，于是整体性也体现在了量子诡异的行为中。
那么为什么现实拥有这样一种涌现的特征呢？原因在于这种涌现所需要的因果律的开放性是保证受造物自由的前提。按照贝叶斯统计的说法是，上帝是后验性地创造了这个宇宙，而非先验性地创造了宇宙。上帝设定了宇宙被造的目的和结果和意义，但是这些结果目的和意义的实现过程却不是完全决定性的，是容许有自由的被造物存在的，比如人类和天使。另外一个原因在于上帝对代表性原则的钟爱。亚当代表人类犯罪，基督代表选民称义。以色利代表上帝的国度，伊甸园代表上帝的教会。这些原型和代表都是涌现出来的结果，比如以色列的历史就是不同的民族与上帝的选民交融过程所产生的一部历史，而这种涌现出来的历史恰好又成了耶稣基督的原型，因为“我从埃及召出我的儿子来”（太2:15），这里的儿子既是旧约的以色列也是耶稣基督。上帝利用涌现引导历史的进程，使得人类的自由意志被上帝所引导达成祂的预旨。同样，我们可以认为进化论也是一种涌现，上帝通过这种方式创造了人类。当然，涌现并没有排除神迹的可能，比如亚当夏娃就是上帝通过特别的手段创造出来的。涌现恰恰为神迹或者神特别的引导提供了机会，因为涌现是从大量事例产生的一种现象，这有点像随机突变和自然选择，只是这里的选择从自然选择变成了目的导向。所有涌现的结果是由上帝对宇宙的预旨所决定的。
涌现其实是上帝创造和救赎的一种过程，是上帝护理宇宙的方式并赋予它的受造物自由的一种方式。虽然地球好像是严格周期地绕着太阳转的，其实太阳系的轨道长时间是不可预知的，或者说是混沌的。这也许就像牛顿所说的，虽然其他行星和太阳自身的不稳定性会对地球产生扰动，但是地球之所以一直在它预定的轨道上乃是上帝的作为。牛顿的世界观绝对不是机械世界观，他反而承认这个宇宙的因果律不是封闭的，不是决定性的，而是向上帝开放的。上帝如果允许每个微观粒子都好像有自由，更何况祂所造的人类呢？正是基于上帝是绝对自由的这样一种对绝对真理的认识，我们才可以从最本质的角度来认识涌现以及在其之上所建立的所有对真理的科学知识。
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