虽然古代的神话传说都有论到宇宙被造的故事，但是现代宇宙学直到上个世纪初才真正诞生。爱因斯坦的广义相对论提供了现代宇宙学的理论基础，而天文观测提供了观测证据。其中最重要的证据来自于埃德温-哈勃对星系退行的观测，虽然有的人认为乔治-勒梅特比哈勃更早提出星系退行的证据，但是哈勃的文章更具观测证据，更确凿地证明了宇宙膨胀的事实。虽然勒梅特早已基于广义相对论提出了宇宙诞生于某个奇点的理论，但是直到星系退行的证据出现，人们才慢慢接受这个所谓的“宇宙大爆炸”学说。而这个理论是不被当时的共产主义国家接受的，因为宇宙大爆炸无疑是对有神论的支持，宇宙和物质即然不是永恒的，那么表明宇宙是被造的，于是就有造物主。
不仅在无神论国家，在现代西方社会里的宇宙学家们，也在极力避免宇宙有限有始的理论。这样的理论意味着自然主义的失败，意味着我们对宇宙之外世界的无知。宇宙的有限意味着自然主义的有限，而自然主义是现代科学的理论假设，所以对许多科学家而言，也意味着科学的终结。所以，随着而来的是许多永恒宇宙和平行宇宙理论的诞生，用于避免宇宙开端的问题。然而这些理论一个致命的弱点是所谓的玻尔兹曼大脑问题。
著名的物理学家玻尔兹曼基于他的统计物理理论提出了“玻尔兹曼大脑”这个非常奇特的概念，在这个理论提出的时候，广义相对论和现代宇宙学还没有诞生。设想宇宙是永恒的，那么在无限长的时间长河中，什么样的宇宙结构是最容易出现的呢？换句话说，如果一个有意识如同人类一样的物种存在，它最可能感知到什么样的宇宙呢？在玻尔兹曼看来，这个物种最可能感知的是除他自己的大脑以外什么都没有。换句话说，如果宇宙中的物质以及掌控物质的定律都是随机产生的，那么一个规律的有次序有生命的宇宙，就像一个房间中的空气分子突然某一刻集中在墙角一样，是那么的不可思议。而在宇宙无限长的时间内，我们总有可能产生这样一种最有可能偶然产生的宇宙，这个宇宙允许最基本的意识存在，这就是玻尔兹曼大脑。如果我们更进一步假设这个大脑需要身体，身体需要养分，养分需要阳光，那么我们最多在一个有序的太阳系里就可以满足这所有条件。但是，我们现在所处的世界是如此的巨大和有序，完全不是最有可能产生的宇宙，所以这个宇宙不是永恒的，是有开端的。
几乎所有的永恒宇宙模型，比如循环宇宙或者永恒暴涨宇宙等，都会遇到玻尔兹曼大脑的问题。这个问题的症结在于我们现在所观测到的宇宙太有序，太复杂，不像是在一个永恒宇宙中偶然形成的，而更像是有一个创造主按照祂既定的法则和计划创造出来的。我想这样一种归纳法的思考对于自然主义者思考造物主的存在是更适合的，因为这样的思辨并没有演绎法那么声势凌人，而是从已有的科学疑难出发来表明有神论比无神论更自洽更符合我们对自然的观察和研究。
那么，宇宙学，这个兴起于上个世纪中叶的学科分支，能否从圣经得到养分来突破当今的瓶颈呢。我之所以说宇宙学有瓶颈是因为我们已经到了精确宇宙学的时代，也就是说我们可以把宇宙的组分和年龄等参数测量到非常精细的程度。一旦一个学科到了这种阶段，就表明它已经很成熟或者（负面地讲）已经止步不前了。无论是暗物质还是暗能量，无论是超弦理论还是暴涨学说，宇宙学的观测数据似乎已经不能带来进一步的突破。相比于之前的COBE和WMAP卫星，现在的Planck卫星所得到的CMB观测数据已经很难做出之前两个卫星所做出的突破。Planck所要做出的重大发现将是引力波的发现和非高斯扰动的量化。而这两个发现都将是为了验证暴涨理论，但据我所知，暴涨理论只是一个图景或者现象学理论，也就是说，这个理论太复杂而繁多，而不能被观测证实或者证伪。那么这个理论最终变成了一种哲学假说。而对于宇宙学那些关键问题，也绝对不是一个暴涨理论所能解决的。所以，我想从圣经的科学观来提出一些有关宇宙学的研究方向。 
这种基督教科学的设想是受创世记第一章的启发。上帝在六日内阶段性地创造出天地海和其中的万物。姑且不论这里的“日”是一段很长的时间还是24小时，我们可以肯定地是上帝借他的话语阶段性地创造了这个世界。那么我们可以肯定的是，在无神论或者自然主义的封闭式的科学体系中是不可能真正解决起源问题的，这些问题包括宇宙的起源，银河系和太阳系的起源，地球的起源，生命的起源以及人的起源。有很多基督徒认为基督徒不应该去研究起源问题，因为那是神迹，是我们用科学方法无法研究的。他們人为基督徒只能研究实验科学，比如传统的电磁学，力学等。但是这种将实验科学于起源科学截然分开的说法是肤浅的。比如在病毒学研究中，我们需要知道病毒的起源和传播途径才能有效地研究出解决办法。如果我们不去追究起源问题，我们也无法真正找到突破口。同样地，如果我们对地球起源一无所知，而只是把化石当成一堆死了的动物遗体而不去追究其原因，最终我们也无法理解现在地球的气候问题和物种灭绝问题。而上帝给亚当，也就是给人类的一个首要使命就是去治理万物。如果我们不懂这个世界是如何产生的，又怎能明白该如何管理它呢？ 
但是在研究起源问题的过程中，我们势必考虑到上帝的话语。也就是说，在自然主义的封闭体系中不可能解决起源问题，因为他們没有考虑超自然的因素。有人说，科学只讨论自然的问题，不讨论超自然的问题，这确实是很多科学研究的理论前提。不过，我们也当注意到现在的地外生命的搜索就已经超出了这个前提。在我看来研究超自然的信号在自然界中的遗迹和研究外星人在地外行星乃至地球上产生的信号并没有本质区别。理论上，我们可以认为上帝就是一个外星人，只是这个外星人的智慧和能力远远超越我们。 
那么问题是我们该如何进行这道的研究呢？我提出一个6阶段创世模型，这六个阶段是：宇宙创生，银河系形成，太阳系形成，地球系统的形成，第一个生命的产生，人类的出现。这六个阶段大致地与上帝六日创造相对应。上帝在每个阶段中输入了不同程度的信息，进而产生了我们所观测到的宇宙－银河系－太阳系－地球－生命－人类的层级结构。上帝通过量子系统输入信息，进而通过系统的“相变”放大这些信息并产生各个系统的结构。各个系统的演化并其与环境的互动都在上帝的护理中，这种护理可以通过自然定律进行研究乃至反演。但是各个系统的初始阶段不能由上一级系统的状态完全决定。 
在我看来，宇宙早期微波背景辐射，银河系的结构，太阳系的结构以及DNA， RNA所蕴含的信息都是上帝所输入信息的外在表现。这只是一个非常粗略的设想，目的是为了激发更多基督徒科学家去思考这些问题。
比如进化论的问题，从本质上来说是关于圣经字意解经和寓意解经的冲突，而并非科学于宗教本质性的冲突。毕竟有些著名的改革宗牧師如Timothy Keller也能够接纳神导进化论的观点。那么关于上帝创造并护理宇宙，科学更没有提出有效的反论。宇宙大爆炸理论并与之相关的精细调节问题都反而给创造论提供了最有利的证据。而当代科学已经不再是决定论的天下，量子力学早已打开这个封闭的宇宙，使得上帝完全可以随时改变并护理这个世界。不仅如此，整个宇宙不是一个 必须（necessary）的存在而是一个（contingent）的存在，所以上帝的存在不仅不是对科学精神的否定，反而是对科学精神的肯定。这个科学精神就是所谓的追寻真理。而基督教世界观不仅给了科学追求真理的哲学基础，也给了科学精神的内在动力。这些观点已经被科学史研究学者所公认（参《科学的灵魂》）。 但是，Plantinga 在他的书中还提到另外一种科学和宗教的关系，這是一种内在本质的深入的和谐关系。探索并发现这种内在的一致性正是我觉得作为一个基督徒科学家的使命。这种探索，在我看来，必然带来科学的革命，使得科学各个分支可以重新地联合起来，乃至和其他人文科学，乃至哲学有前所未有的整合。而这种整合必然产生一种新的科学，乃是世界观科学。因为每个科学课题的提出乃至完成以及对其结果的解释都牵涉到那个科学家个人的世界观。那么这种科学的产生有哪些必要的元素呢？圣经可以给出答案。 我们观察創世記就会发现，上帝并没有告诉我们创世的细节，而是告诉我们创造的基本原则。比如上帝用祂的言语创造了世界，祂先创造了承载万物的框架或者容器，然后创造了充满这容器的万有。他的创造带来了规律，次序和结构并进而带来了生命。这些基本原则正是科学一直以来在探索并印证的。 首先，上帝的创造是有规律的并且是连续的，或者是时间反演的。无论是牛顿万有引力的发现还是爱因斯坦广义相对论的进一步阐释，我们始终在自然界中观察到规律，并且这些规律可以用数学来描述。一方面，受造规律的数学描述暗示了人类的心智和自然定律乃有同一起源。而最好的解释乃是有一位智慧的造物主创造了宇宙和人的灵魂。另一方面，我们认识这个宇宙的起源和发展是基于一种连续的因果链。这种连续性使得我们可以追溯行星的起源和宇宙的起源。 
其次，上帝的创造是不连续的，是分离的，但却是有秩序的。这并不与前一个属性矛盾，因为这种分离性暗含于连续性中，并且是连续性的因果链条所产生的自然结果。经典物理所给我们的世界图景乃是这个世界在时空上是连续的，是决定性的。这种观点和圣经的创造观并非完全相符。神乃是分开光暗，天地，空气与海，神乃是有阶段性地创造了生物，并且各从其类。也就是说连续性不是宇宙的常态，而连续性本身就暗含了不连续性，并且也为着质的转变服务。比如太阳系最开始经历“空虚混沌”的原恒星阶段，然后形成了各大行星，经历了一系列的轨道变迁和小行星碰撞才产生了适宜于人类居住的地球。这种不连续性不仅出现在行星形成上，也出现于量子物理，生物起源和气候系统上。比如普朗克尺度的时空不连续性，寒武纪大爆炸，冰期－间冰期的突变等。这种不连续或者量子现象时常出现在复杂性激增的高度非线性过程中，比如宇宙的起源，恒星，星系的起源，行星的起源，气候系统的产生，以及生物的起源，人类的起源。这种不连续性或者量子原则，在我看来，既是量子物理也是宏观乃至宇观科学的基本原则。而正是这种原则产生了秩序和生命。
简言之，在上帝所创造的宇宙中，连续是肤浅的，量子的深刻的，信息是基本的，意义是终极的。现代科学一直以连续性为其研究的理论前提，比如地球科学常常认为地球的气候，生态变化是连续的，渐变的，但是数据却常常给出不同答案。而最深刻的变革开始于上个世纪初的量子革命，它现在仅仅带来了物理学的革命，但我觉得它必将带来整个自然科学领域的革命。虽然信息革命已经在计算机领域产生并且结出累累硕果，但是信息论需要与物理和生物乃至天文相结合才能产生出更强大的威力。不過这一切理论最终乃是不同世界观任意摆弄的小姑娘，但是幸好我们有个试金石，那就是“本于信以致于信”的统计原理——“贝叶斯”统计，让我们亮出自己的底牌，并用数据对我们的前设进行挑战。在这种世界观科学的疆土里，已经没有了自然和人文的区分，只有不同世界观的猛烈碰撞。这可能就是Plantinga所言的科学与信仰真正的和谐罢！
也许有人说这信息是自然涌现出来的，就像我们观察云朵的时候也会偶尔发现一些有意思的形状，就像某些动物或者符号。但是，我们在基因世界里看到的不仅是或是或非的符号，而是一系列存于不同染色体中的DNA分子的有机并且精确的表达。这就好比计算机程序，如果出现一个小错误，或者各个部分不能按次序彼此协作运行都会出现bug，甚至死机。但是我们发现新生儿的健康出生在任何时代都是再平常不过的事情了。我在这里并非要支持“智慧设计论”的方法，但我支持他们的结论，那就是这个宇宙乃是由上帝用言语从无中创造出来的。这也是人类基因组首席科学家Francis S. Collins在他的“The Language of God”中所讲的。
两本书 