我们都知道在逻辑学里面有所谓的演绎逻辑和归纳逻辑，我们可以说数学往往建立在演绎逻辑的基础之上，通过一些公理来推导出一大堆定理。我们也可以说物理学通常是建立在归纳逻辑的基础上，因为物理学的基础在于实验和观测，然后通过一定的样本统计归纳出规律，比如万有引力和电磁学的很多规律都被称为“定律”，因为这些定律不是演绎出来的，而是通过观察和实验确定的。然而，很奇怪的是，这些归纳出来的定律往往符合演绎出来的定理。一个比较有名的例子是高斯定理，它是数学里面矢量场的普遍规律，然而电磁学中的静电场也符合所谓的高斯定律，即电通量只与它包含的电荷有关。你可以说高斯定律是高斯定理的一个特例，它告诉我们电荷是守恒的，电场是有源场。因此自上而下的演绎逻辑和自下而上的归纳逻辑最后却可以碰到一起。另一个典型的例子是广义相对论的发现，爱因斯坦基于广义协变原理和等效原理推导出了广义相对论的公式，表明引力是时空弯曲所导致，并且将非惯性系和惯性系的物理规律、引力质量和惯性质量、牛顿引力和狭义相对论一并统一了。你可以说爱因斯坦的科学动机是为了解决这些理论疑难以及水星进动疑难的观测事实，但是他解决的方式却是演绎的，这样归纳和演绎并非决然对立，而是相辅相成的。
另一个是神创论和进化论的冲突。在当今自然科学乃至社会科学的发展中，进化已经成为最基本的科学叙事，也就是说，进化或者演化被认为是整个宇宙和人类社会发展到今天的基本原因和动力。而在自然主义方法论的假设下，这样一种进化过程被认为是无需上帝的参与，仅自然界本身就可以实现的。然而，这样一种进化的理论在现实中却碰到了诸多困难，比如如何解释生命的产生，如何解释寒武纪生物大爆发，如何解释宇宙的精细调节，如何解释意识的产生等。因此，智慧设计论者认为，在自然科学的理论构建中，如果不引入上帝的介入，是无法完满解释这个世界的。进化论者，或者扩大的进化论者——乐观的科学主义者，认为自然科学中的这些问题恰恰是自然主义假设下科学理论发展的动力，科学家应该欣赏不确定性，鼓励创新，继续在自然主义的假设下来解决问题，迎接挑战。智慧设计论者试图以一种自上而下的方式来设想上帝是如何介入这个自然界的，把上帝的作为假设为一种非自然的介入。乐观的科学主义者则在假设上完全排除了上帝介入的可能，认为自然界是自足的，无需设计者的设计和介入。
其实，这两种观点都有其本身的问题。智慧设计论者的问题是容易导致狭缝中上帝的局面，就是上帝假设只是为了解释自然科学无法解释的问题，一旦自然科学可以解释了，就不需要上帝的存在了，而且认为上帝是自上而下地介入到自然界的，其方式很可能是“不自然”的。进化论者认为一切都可以用自下而上的随机性和规律性来解释，无需设计，无需超自然的介入，所以从本质上无法解释我刚才提到的那些现象：生命起源、物种爆发、精细调节、意识起源。而且这些只是横向的科学问题，考虑到纵向，自然科学其实并没有从根本上解释量子场本身存在的原因，物理规律存在的原因以及自然现象符合自然规律并且自然规律可用数学描述的原因。而且，自然主义世界观无法从根本上解释伦理道德的存在，意义的存在，价值的存在，目的的存在、自由的存在，所以，无法成为一个自洽的世界观体系。
因此，我认为智慧设计论者的问题总是强调自上而下，忽略了自下而上的设计机制的构建；乐观的科学主义者的问题在于总是强调自然的自足性，总是尝试自下而上地解释宇宙现象，因此面临着很多无法解决的问题，并无法构成自洽的世界观。所以，我认为解决方案即是自下而上的，也是自上而下的，我们姑且称这种有神论科学为“有神目的动力学”，这与哲学家与理论生物学家Terrence Deacon提出的“目的动力学”同名，所以加上了有神二字。Deacon的目的动力学认为目的是复杂系统中涌现出来的，不是自上而下的，因此试图在自然主义的框架下来解释生命起源、意识起源和社会问题。其实，这种目的是一种“伪目的”，因为这种目的不是外界加给系统的，而是系统自身产生的，因此不是传统亚理斯多德哲学中的目的论。虽然Deacon的目的论不是真正的目的论，但是他的方法值得“有神目的动力学”借鉴。
我觉得在有神目的动力学的框架下，我们需要思考的是上帝如何借助自然规律达到祂的目的，自然规律在这里不是钟表嘀嗒一样的规律，而是像下棋的规则一样可以供设计者自由行走的规律。这种自然规律的开放性是建立在量子力学的不确定性和混沌理论的随机性之上。同样，我们要进一步思考的是目的是否可以涌现出来，而涌现出来的目的是否仍然可以是自上而下的。这个我们仍然可以从统计学中的后验取样来理解，后验分布可以被认为是一个复杂的自上而下的目的因，而随机行走的采样，比如MCMC，则是自下而上地去趋向于这个目的，这个和亚理斯多德的目的因非常相似。同样，圣经说，万有都是本于祂，依靠祂，并归于祂（罗11:36）。也就是说，宇宙的演进其实是自下而上地在实现那个自上而下的目的。
为了建立“有神目的动力学”，我们需要首先建立的是一套基于圣经的目的因景观（landscape），所谓景观，就是一个庞大的目的体系，上帝对宇宙、非生物、生物、人类、社会的目的是什么。我们当然可以简化为万物都为了上帝的荣耀而存在，但是万物如何荣耀上帝，这正是有神目的论要首先解决的问题。在建立了目的因景观之后，我们需要建立目的因实现的机制。这个涉及到我们如何识别物理学、生物学、化学、社会学中的那些开放的规律体系，这些规律体系如何提供“下棋规则”，使得上帝的目的得以实现。最后，我们需要提供一套具有可能性的上帝下棋的路数，即机制，这些机制使得上帝可以自下而上地，像MCMC实现后验取样一样，实现祂设定的目的。
因此，这样一种有神目的动力学可以解释宇宙中的那些疑难问题，但是解决的方式绝对不是引入狭缝中的上帝，而是引入一种有规律可循的目的因的实现机制，而这个目的因是基于我们对圣经中上帝的认识。因此，那些看起来像设计的现象确实是设计，只是这种设计并不是简单的自上而下地强加给自然界，而是利用自然界自身的规律来实现它被造的目的。
两本书 