当代科学和信仰的争论主要是关于进化论与创造论，年轻地球与年老地球的问题。但是，Alvin Ｐlantinga在他的“Where the Conflict Really Lies: Science, Religion, and Naturalism”一书中认为科学于宗教之间并非存在本质上的冲突，最多只是在背后的世界观方面的冲突。我虽然没有读过这本书，但是也大致能够猜测他的观点。 
比如进化论的问题，从本质上来说是关于圣经字意解经和寓意解经的冲突，而并非科学于宗教本质性的冲突。毕竟有些著名的改革宗牧師如Timothy Keller也能够接纳神导进化论的观点。那么关于上帝创造并护理宇宙，科学更没有提出有效的反论。宇宙大爆炸理论并与之相关的精细调节问题都反而给创造论提供了最有利的证据。而当代科学已经不再是决定论的天下，量子力学早已打开这个封闭的宇宙，使得上帝完全可以随时改变并护理这个世界。不仅如此，整个宇宙不是一个 必须（necessary）的存在而是一个（contingent）的存在，所以上帝的存在不仅不是对科学精神的否定，反而是对科学精神的肯定。这个科学精神就是所谓的追寻真理。而基督教世界观不仅给了科学追求真理的哲学基础，也给了科学精神的内在动力。这些观点已经被科学史研究学者所公认（参《科学的灵魂》）。 但是，Plantinga 在他的书中还提到另外一种科学和宗教的关系，這是一种内在本质的深入的和谐关系。探索并发现这种内在的一致性正是我觉得作为一个基督徒科学家的使命。这种探索，在我看来，必然带来科学的革命，使得科学各个分支可以重新地联合起来，乃至和其他人文科学，乃至哲学有前所未有的整合。而这种整合必然产生一种新的科学，乃是世界观科学。因为每个科学课题的提出乃至完成以及对其结果的解释都牵涉到那个科学家个人的世界观。那么这种科学的产生有哪些必要的元素呢？圣经可以给出答案。 我们观察創世記就会发现，上帝并没有告诉我们创世的细节，而是告诉我们创造的基本原则。比如上帝用祂的言语创造了世界，祂先创造了承载万物的框架或者容器，然后创造了充满这容器的万有。他的创造带来了规律，次序和结构并进而带来了生命。这些基本原则正是科学一直以来在探索并印证的。 首先，上帝的创造是有规律的并且是连续的，或者是时间反演的。无论是牛顿万有引力的发现还是爱因斯坦广义相对论的进一步阐释，我们始终在自然界中观察到规律，并且这些规律可以用数学来描述。一方面，受造规律的数学描述暗示了人类的心智和自然定律乃有同一起源。而最好的解释乃是有一位智慧的造物主创造了宇宙和人的灵魂。另一方面，我们认识这个宇宙的起源和发展是基于一种连续的因果链。这种连续性使得我们可以追溯行星的起源和宇宙的起源。 
其次，上帝的创造是不连续的，是分离的，但却是有秩序的。这并不与前一个属性矛盾，因为这种分离性暗含于连续性中，并且是连续性的因果链条所产生的自然结果。经典物理所给我们的世界图景乃是这个世界在时空上是连续的，是决定性的。这种观点和圣经的创造观并非完全相符。神乃是分开光暗，天地，空气与海，神乃是有阶段性地创造了生物，并且各从其类。也就是说连续性不是宇宙的常态，而连续性本身就暗含了不连续性，并且也为着质的转变服务。比如太阳系最开始经历“空虚混沌”的原恒星阶段，然后形成了各大行星，经历了一系列的轨道变迁和小行星碰撞才产生了适宜于人类居住的地球。这种不连续性不仅出现在行星形成上，也出现于量子物理，生物起源和气候系统上。比如普朗克尺度的时空不连续性，寒武纪大爆炸，冰期－间冰期的突变等。这种不连续或者量子现象时常出现在复杂性激增的高度非线性过程中，比如宇宙的起源，恒星，星系的起源，行星的起源，气候系统的产生，以及生物的起源，人类的起源。这种不连续性或者量子原则，在我看来，既是量子物理也是宏观乃至宇观科学的基本原则。而正是这种原则产生了秩序和生命。
然后，上帝乃是用言语创造了天地万物。圣经让我们看到量子原则只有通过信息论才能得到量化处理。任何一门成熟的科学门类都需要经过数学的洗礼，那么以上所说的量子原则也必然需要得到合适的量化。那么为什么需要信息论来量化呢？因为信息的传达和表现都是量子的，信息的传达可以用频谱进行分析，信息的表现可以用语言学或者计算机理论进行信息学的量化。这种将信息论整合于量子科学的科学就是量子信息，它和香农的信息论略有不同，但是最终都是为了将量子或者不连续现象用信息理论进行量化。而量子信息的另外一个走向就是用信息和量子来建立大统一物理学模型。而正如上面所分析的，这种量子信息的模式可以应用于宏观乃至宇观科学。在这种科学图景中，宇宙乃是信息，物理定律是信息的转换器，人类的大脑乃是信息的接收器，上帝是信息的发出者，而每个有正常心智的人类个体是信息的接收者。有意思的是，在2008年已经有人提出用信息论来研究人类心智的功能，“Consciousness as Integrated Information: a Provisional Manifesto ”。这可谓一个划时代的贡献，因为它越过了神经科学的复杂理论，直接将人类大脑做了一个功能性的描述。这就好像越过了基因学，直接进行内科临床的研究。这样看来，量子信息的普遍原理也必然是越过了复杂的过程而直接对现象进行信息学的研究。这就好像一个信息经过了许多信号转换器，我们无需知道每个信号转化的过程，我们只需要分析每个转换器输入和输出的信息就可以知道这个信号转换器是如何运作的。而更有意思的是，如果上帝在某些过程中输入了额外的信息，通过这种分析，应该能够发现这些信息。所以，創世記的阶段性创造应该可以透过这种万有量子信息原理进行合理的解读。
最后，上帝的创造是有目的的。话语或者信息是和意义和目的连接在一起的。一个不懂中文的人看中文，对他而言可能没有什么明显的意义。所以，信息必须在一定的大脑环境中才能产生出意义。而这个大脑环境乃是由这个人的世界观和个人经历所决定的。比如我学过中文，所以我能读懂一本中文小说;但是我读这本小说和另外一个中国人读可能读出不同的意思，那么这是由我们的理解水平或者世界观决定的。那么，我们去理解外在客观世界的言语及其意义也必然牵涉到我们自己内在的世界观和价值观。从这种意义上来讲，每个科学成果都是在某种世界观之树上结的果子。科学家们再也无法声称自己是中立的，客观的了，他们必须亮出自己的底牌。一个简单的例子是对人类所居住的地球的解读，有的人认为地球不是独特的，所以他们寻找地外文明;有的人相信地球是独特的，是上帝专门设计给人的，所以他们寻找地外行星来验证地球的独特性。虽然这两类科学家在做同样的事情，却有不同的价值取向。 
简言之，在上帝所创造的宇宙中，连续是肤浅的，量子的深刻的，信息是基本的，意义是终极的。现代科学一直以连续性为其研究的理论前提，比如地球科学常常认为地球的气候，生态变化是连续的，渐变的，但是数据却常常给出不同答案。而最深刻的变革开始于上个世纪初的量子革命，它现在仅仅带来了物理学的革命，但我觉得它必将带来整个自然科学领域的革命。虽然信息革命已经在计算机领域产生并且结出累累硕果，但是信息论需要与物理和生物乃至天文相结合才能产生出更强大的威力。不過这一切理论最终乃是不同世界观任意摆弄的小姑娘，但是幸好我们有个试金石，那就是“本于信以致于信”的统计原理——“贝叶斯”统计，让我们亮出自己的底牌，并用数据对我们的前设进行挑战。在这种世界观科学的疆土里，已经没有了自然和人文的区分，只有不同世界观的猛烈碰撞。这可能就是Plantinga所言的科学与信仰真正的和谐罢！
也许有人说这信息是自然涌现出来的，就像我们观察云朵的时候也会偶尔发现一些有意思的形状，就像某些动物或者符号。但是，我们在基因世界里看到的不仅是或是或非的符号，而是一系列存于不同染色体中的DNA分子的有机并且精确的表达。这就好比计算机程序，如果出现一个小错误，或者各个部分不能按次序彼此协作运行都会出现bug，甚至死机。但是我们发现新生儿的健康出生在任何时代都是再平常不过的事情了。我在这里并非要支持“智慧设计论”的方法，但我支持他们的结论，那就是这个宇宙乃是由上帝用言语从无中创造出来的。这也是人类基因组首席科学家Francis S. Collins在他的“The Language of God”中所讲的。
两本书 